Một thời gian sau các sự kiện liên quan đến Burst Linker Dusk Taker, Kuroyukihime nhớ lại việc tuyển dụng Arita Haruyuki vào chương trình "Brain Burst" một ứng dụng cho phép người chơi tăng tốc các chức năng nhận thức của họ cho đến khi thời gian dường như ngừng lại. Kể từ khi đến, Haruyuki đã trở nên nổi tiếng trong số các Burst Linker khác và đã giúp Kuroyukihime đạt được mục tiêu đạt cấp độ cao nhất trong trò chơi. Trong trận chiến giành lãnh thổ với Legion Nega Nebulus của họ, Haruyuki và những người bạn của mình bị đuổi khỏi chương trình sau một cơn bão hủy diệt trong trò chơi. Trên khắp Tokyo, camera an ninh bị trục trặc, Kuroyukihime suy luận rằng có liên quan đến trục trặc Brain Burst. Quyết tâm khắc phục sự cố, Nega Nebulus phải chiêu mộ các Quân đoàn khác để tìm ra nguồn gốc của vấn đề và khôi phục khả năng tăng tốc.