Blue Gender diễn ra trong một tương lai không xa trong một thế giới mà mọi thứ đã trở nên tồi tệ đối với nhân loại. Con người đã bị thay thế ở đầu chuỗi thức ăn bởi Blue, một chủng tộc người ngoài hành tinh giống bọ đã xâm chiếm Trái đất và đẩy loài người sang một bên. Một trạm vũ trụ, Trái đất thứ hai, đã được xây dựng như một nơi trú ẩn an toàn cho con người, với hy vọng một ngày nào đó có thể lấy lại Trái đất một lần nữa. Yuji Kaido bị đông lạnh vì mắc một chứng bệnh được gọi là Tế bào B. Sau khi thức tỉnh, anh ta gia nhập một đội binh lính đã đến Trái đất để giải nén anh ta. Thật không may, không có gì diễn ra theo kế hoạch khi họ quay trở lại Trái đất thứ hai. Yuji sẽ phải đối mặt với nỗi kinh hoàng của cuộc chiến đẫm máu khi anh và các chiến binh từ Trái đất thứ hai tìm cách sống sót. Liệu họ có thể giành lại Trái đất mà không làm mất đi nhân tính của mình?