Kể từ cái chết của người đàn ông được cho là hoàng đế độc ác nhất của Britannia một năm trước, thế giới đã được hưởng một nền hòa bình chưa từng có dưới sự lãnh đạo của Liên đoàn các quốc gia thống nhất. Tuy nhiên, sự yên bình mong manh này đã bị phá vỡ khi các chiến binh vũ trang bắt cóc thành công cựu công chúa Nunnally vi Britannia và Suzaku Kururugi, cố vấn trưởng của Black Knights, gây ra một cuộc khủng hoảng quốc tế. Vương quốc Zilkhstan hùng mạnh và không đáng tin cậy bị buộc tội dàn dựng việc bắt giữ họ. Để điều tra, các nhà chức trách thế giới gửi Kallen Stadtfeld và các cộng sự của cô ấy vào một hoạt động bí mật trong nước. Ở đó, họ gặp phù thủy bất tử C.C., người đang thực hiện sứ mệnh hoàn thành việc hồi sinh người đàn ông chịu trách nhiệm về cuộc cách mạng vĩ đại nhất trong lịch sử một huyền thoại sẽ trỗi dậy, nắm quyền chỉ huy và cứu thế giới khỏi hiểm họa một lần nữa.