Mất đi một người thân yêu quá đau đớn đến nỗi đôi khi người ta có thể ước có thể hồi sinh họ — một điểm yếu mà Bá tước Thiên niên kỷ bí ẩn khai thác. Để chế tạo vũ khí cơ học của mình được gọi là "Akuma", anh ta sử dụng linh hồn của những người đã chết được gọi trở lại. Một khi linh hồn được đặt trong Akuma, linh hồn đó sẽ bị mắc kẹt vĩnh viễn, và cách duy nhất để cứu họ là trục xuất họ khỏi kim khí bằng vũ khí Anti-Akuma, "Innocence." Sau ba năm làm đệ tử của General Cross, Allen Walker được gửi đến Black Order - một tổ chức bao gồm những người sẵn sàng chiến đấu với Akuma và Bá tước Thiên niên kỷ - để trở thành một Exorcist chính thức. Với cánh tay là Innocence và con mắt bị nguyền rủa có thể nhìn thấy những linh hồn đau khổ bên trong Akuma, Allen và các đồng đội của anh ấy có thể ngăn chặn âm mưu cuối cùng của Millennium Earl: một âm mưu có thể dẫn đến sự hủy diệt của thế giới.