Vào một buổi chiều mưa, Đội thám tử nhí chứng kiến một vụ giết người bên kia đường. Bị chặn bởi giao thông, thủ phạm bỏ trốn và Conan Edogawa để lại manh mối duy nhất bởi một thám tử đang hấp hối. Nhiều ngày sau, một thám tử khác được tìm thấy bị sát hại trong một bãi đậu xe, khiến cảnh sát vô cùng lo lắng. Nghi ngờ rằng thủ phạm là một trong những người của họ, tất cả mọi người trong sở cảnh sát mà không có bằng chứng ngoại phạm là nghi phạm. Nhưng mặc dù đang trong tình trạng cảnh giác cao độ, họ vẫn bị qua mặt và hứng chịu một cuộc tấn công khác lần này là với Ran Mouri đang ở giữa làn đạn. Bị tổn thương, Ran tỉnh dậy trong bệnh viện với chứng mất trí nhớ ngược, không nhớ gì về cuộc đời mình. Ngay sau khi được trả tự do, cô đấu tranh để nhớ lại quá khứ của mình và trở nên lo sợ về việc không lấy lại được ký ức trước khi bị kẻ giết người nhắm đến vì những gì cô đã chứng kiến. Khi cô ấy được bảo vệ bởi bạn bè và gia đình, Conan có nhiệm vụ xâu chuỗi các manh mối và tìm ra kẻ sát nhân là ai trước khi chúng tấn công lần nữa.