Con thuyền của Nô-ê công nghệ thực tế ảo mới nhất và là cột mốc quan trọng trong sự đổi mới của con người được thiết lập để giới thiệu cho những đứa trẻ có đặc quyền của Nhật Bản. Họ có vinh dự bắt đầu một cuộc cách mạng mới trong lĩnh vực chơi game; tuy nhiên, niềm vui vô tư của họ bị cắt ngắn khi một nhân viên của công ty được tìm thấy bị sát hại, với thông điệp hấp hối của anh ta chỉ ra manh mối được giấu trong Ark. Cùng với Đội thám tử nhí và Ran Mouri, Conan Edogawa bước vào Con thuyền của Nô-ê để giải quyết bí ẩn này và đảm bảo bắt được thủ phạm. Nhưng một khi họ đã vào bên trong Ark, nó sẽ có ý định riêng, giam cầm họ và những đứa trẻ trong thế giới của nó. Để trốn thoát và đưa kẻ giết người ra trước công lý, Conan và đồng đội phải điều hướng một London thế kỷ 19 mô phỏng và truy tìm Jack the Ripper khét tiếng với mạng sống của 50 đứa trẻ vô tội phụ thuộc vào chúng.