Mười lăm năm trước tại một dải đất cằn cỗi của Thái Bình Dương, một con tàu du lịch đã va phải một tảng băng trôi và bị mất tích trên biển. Hơn một thập kỷ sau, Hideto Yashiro một kỹ sư tàu thủy chết trong một vụ tai nạn ô tô nghiêm trọng. Mối liên hệ khó có thể xảy ra giữa những sự kiện này chỉ được làm sáng tỏ trên con tàu sang trọng St. Aphrodite trong chuyến hành trình đầu tiên của cô. Lên tàu trong một kỳ nghỉ rất cần thiết, Kogorou Mouri, con gái Ran, Conan Edogawa và Đội thám tử nhí tận hưởng chuyến đi do gia đình Sonoko Suzuki cung cấp. Nhưng niềm vui của họ sớm bị cắt đứt khi một trò chơi trốn tìm dẫn đến sự biến mất của Sonoko. Một thời gian sau, Giám đốc điều hành của tập đoàn Yashiro, người đã xây dựng St. Aphrodite, bị đâm chết và cha cô mất tích. Trong khi cuộc điều tra của cảnh sát đi vào ngõ cụt, Conan đã lần ra thủ phạm. Không muốn bị bắt, thủ phạm đe dọa sẽ cho nổ tung St. Aphrodite và nhấn chìm tất cả hành khách của cô ấy. Khi thân tàu nhanh chóng đầy nước, sự thật đằng sau những vụ giết người đầy thù hận cuối cùng cũng được tiết lộ. Không còn nơi nào để trốn thoát, Conan và Kogorou phải vật lộn với thủ phạm khó nắm bắt trước khi mọi người trên tàu bị kéo xuống đáy đại dương.