Một đêm nọ, Viện Vi sinh vật Quốc gia Tokyo bị tấn công bởi một tổ chức bí ẩn tự xưng là "Mèo Xiêm Đỏ". Nhóm này đã gây ra vụ nổ phòng thí nghiệm bảo mật cao đang lưu trữ một loại vi-rút được cho là có tỷ lệ tử vong là 80% mà không có cách chữa trị nào được biết đến. Hành động khủng bố này thống trị các tiêu đề, làm lu mờ sự ra mắt của khí cầu lớn nhất thế giới được phát triển dưới thời Jirokichi Suzuki. Đặc biệt, buổi ra mắt có đính kèm một ghi chú dành cho Kaito "Kaitou Kid" Kuroba, thách thức anh ta đánh cắp viên ngọc được trưng bày Lady Sky lừng lẫy. Conan Edogawa được phép lên phi thuyền cùng với Kogorou Mouri, Ran Mouri, Sonoko Suzuki, Giáo sư Agasa và Đội thám tử nhí. Tuy nhiên, cuộc vui của họ dừng lại khi một người gọi không xác định liên lạc với Jirokichi và tuyên bố rằng họ đã thả một loại virus nhất định vào phòng hút thuốc. Ngay sau đó, các triệu chứng bắt đầu xuất hiện giữa các hành khách và sự hỗn loạn xảy ra. Nắm bắt cơ hội, Red Siamese Cat bất ngờ xuất hiện và cướp phi thuyền! Để ngăn chặn những kẻ tấn công, Conan và Kaitou Kid cùng với các đồng minh của mình phải hợp tác với nhau để giải mã manh mối và khám phá ra mục tiêu thực sự của Mèo Xiêm Đỏ trước khi hết giờ.