Một buổi sáng, tại đài quan sát của Bell Tree Tower, một người đàn ông bất ngờ bị bắn chết bởi một tay súng bắn tỉa vô danh. Conan Edogawa, người tình cờ đến thăm khi vụ giết người xảy ra, lao đến bắt kẻ bắn tỉa nhưng không thành công. Sau đó, anh ta biết rằng nghi phạm của vụ việc, Timothy Hunter, là cựu thành viên của đội Hoạt động Đặc biệt của Hải quân và đã bị điều tra về một vụ án giết người trước đó. FBI tin rằng có ít nhất ba người mà Timothy muốn chết. Tuy nhiên, sau cái chết của hai người trong số họ, chính Timothy cũng bị giết, khiến cuộc điều tra trở nên hỗn loạn. Khi họ mất đi vị trí dẫn đầu duy nhất, tin tức về các vụ ám sát lan khắp Tokyo, khiến thành phố rơi vào tình trạng hoảng loạn. Nhiệm vụ của Conan là phải tìm và bắt được thủ phạm với hy vọng chấm dứt cuộc bắn tỉa kinh hoàng này.