Những đứa trẻ được chọn đã đoàn tụ với các đối tác Digimon của chúng, những người không còn nhớ chúng do ảnh hưởng của việc thiết lập lại kỹ thuật số. Trong khi mọi người cố gắng kết nối lại với những con quái vật kỹ thuật số của họ, Sora Takenouchi vấp phải sự phản kháng từ Piyomon, người ngoan cố từ chối nói chuyện với cô. Đột nhiên, một cuộc tấn công của một Digimon thù địch đã chia cắt nhóm, phân tán họ và Digimon của họ khắp Thế giới kỹ thuật số. Trở lại thế giới loài người, Daigo Nishijima của Cơ quan Hành chính Hợp nhất nhận được cảnh báo rằng một thực thể mới đang truy đuổi "Libra", mà anh ta tin là bí danh của Meicoomon. Vì một lý do nào đó, Meicoomon giữ lại tất cả ký ức của mình và do đó vẫn nhớ lại đối tác của mình là Meiko Mochizuki, người đã một mình đến Thế giới số để tìm cô ấy. Nếu họ hy vọng xác định được những thế lực nào khác đã thúc đẩy các sự cố cho đến nay, Những đứa trẻ được chọn phải sống sót qua các chướng ngại vật của Thế giới kỹ thuật số được tái tạo và tìm đường trở về nhà.