Meiko Mochizuki vô cùng kinh hoàng, đối tác Digimon của cô là Meicoomon buộc phải tiến hóa thành Meicrackmon và rơi vào tầm ảnh hưởng xấu xa trong quá trình này. Khi Meicrackmon biến mất để tàn phá những nơi khác, có vẻ như chính Thế giới kỹ thuật số bắt đầu từ chối sự hiện diện của Meiko và những đứa trẻ được chọn khác. Trong khi trốn tránh nhiều kẻ thù truy đuổi họ, cả nhóm cố gắng tìm đường trở về nhà. Ở thế giới loài người, một sứ giả từ thực thể bí ẩn Cân bằng nội môi đến thăm cả cha của Meiko và Daigo Nishijima của Cơ quan Hành chính Hợp nhất để thảo luận về nguồn gốc của Meicoomon. Người đưa tin thông báo cho cả hai rằng Cân bằng nội môi có kế hoạch loại bỏ con quái vật kỹ thuật số. Bằng cách làm như vậy, họ hy vọng sẽ ngăn chặn các Digimon khác xuất hiện trong thế giới loài người bất kể cảm xúc của Những đứa trẻ được chọn về vấn đề này.