Mười bốn năm sau Tác động thứ ba, Trái đất là một vùng đất hoang hậu tận thế, nền văn minh nhân loại đang bị hủy hoại và những người mà Shinji Ikari biết gần như không thể nhận ra. Bị mắc kẹt bên trong Evangelion Unit-01, anh ta được Asuka Langley Shikinami và Mari Illustrious Makinami phục hồi từ không gian, chỉ để thấy mình là tù nhân của WILLE, một phe quân sự do người giám hộ cũ của anh ta là Misato Katsuragi lãnh đạo. Lạnh lùng và cay đắng, các đồng minh cũ của anh ta nhìn anh ta với sự nghi ngờ và từ chối hỗ trợ anh ta khi anh ta đối mặt với hậu quả của hành động của mình. Shinji bị tổn thương và bối rối được Rei Ayanami giải cứu khỏi WILLE và trở về trụ sở NERV. Ở đó, anh gặp và nhanh chóng kết bạn với Kaworu Nagisa bí ẩn, người mang đến cho anh sự ấm áp và cái nhìn sâu sắc về tình trạng cuộc chiến của NERV với các Thiên thần. Nhưng thời gian nghỉ ngơi ngắn ngủi của Shinji và Kaworu nằm trước thềm một trận chiến mới, trận chiến mà Shinji nhận ra rằng kẻ thù của mình không còn là Thiên thần mà là những người đồng đội cũ. Trong cuộc đối đầu gay gắt này để xác định tương lai của thế giới, Shinji sẽ trực tiếp học được rằng quá khứ thực sự không thể xóa bỏ.