Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ năm vẫn tiếp tục, và sự hỗn loạn sau đó dẫn đến tiền cược cao hơn cho tất cả những người tham gia. Shirou Emiya tiếp tục tham gia vào cuộc chiến, khao khát trở thành anh hùng của công lý cứu mọi người. Anh bắt đầu tìm kiếm sự thật đằng sau một bóng đen bí ẩn và sự giết người của nó, quyết tâm đánh bại nó. Trong khi đó, Shinji Matou bắt đầu thực hiện kế hoạch của riêng mình, đe dọa Shirou thông qua chị gái Sakura Matou. Shirou và Rin Toosaka chiến đấu với Shinji, hy vọng giải thoát cho Sakura khỏi sự ngược đãi của anh trai cô. Nhưng sự thật xấu xa về anh chị em Matou bắt đầu lộ diện, và nhiều bí mật đen tối được phơi bày. Fate / stay night Phim: Heaven's Feel - II. Lost Butterfly tiếp tục tập trung vào các Master và Servant còn lại khi họ chiến đấu với nhau với hy vọng lấy được Chén Thánh. Tuy nhiên, khi bóng tối xuất hiện trong Thành phố Fuyuki, ngay cả tình trạng chiến tranh thiêng liêng của họ cũng có thể gặp nguy hiểm.