Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ năm ở thành phố Fuyuki đã đi đến một bước ngoặt, trong đó tính mạng của tất cả những người tham gia bị đe dọa khi kẻ thù giấu mặt cuối cùng cũng lộ diện. Khi Shirou Emiya, Rin Toosaka và Illyasviel von Einzbern phát hiện ra bản chất thực sự, đồi bại của bóng đen đang hoành hành khắp thành phố, họ nhận ra tình hình thảm khốc đến mức nào. Để bảo vệ những người thân yêu của mình, cả nhóm phải chống lại lực lượng kẻ thù dường như không thể vượt qua — ngay cả khi một số kẻ thù đó từng là đồng minh của họ, hoặc có lẽ, một thứ gì đó thân thiết hơn. Khi hành động cuối cùng của cuộc chiến hỗn loạn này bắt đầu, những lý tưởng mà Shirou tin tưởng sẽ sớm bị thử thách bởi một tình thế khó xử tột cùng: liệu có thực sự cứu được một thế giới nơi mọi thứ dường như đã sai?