Diễn ra giữa các sự kiện của Free!: Eternal Summer và Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks diễn ra vào mùa hè năm ngoái của các học sinh cuối cấp đã tốt nghiệp thông qua bốn câu chuyện khác nhau trước khi họ lên đường đến tương lai. Unmei không có lựa chọn! (Destined Choice!) theo chân Haruka Nanase và Makoto Tachibana tìm kiếm một căn hộ mới cho Haruka khi cậu định cư ở Tokyo. Hitou không hạ nhiệt! (Cooling Down at the Secret Hot Spring!) thấy Aiichiro Nitori chọn quà tốt nghiệp cho Rin Matsuoka và Sousuke Yamazaki, trong khi Momotaro Mikoshiba giành được vé vào Suối nước nóng Anago. Hy vọng về một chuyến đi cùng nhau, Aiichiro và Momotaro mời Rin và Sousuke. Kessoku no Batafurai! (United Butterfly!) cho thấy Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki và Gou Matsuoka đang tạo một video tuyển dụng để thu hút các thành viên mới của câu lạc bộ cho năm học tiếp theo. Tabidachi no Etanaru Buru! (Departing Eternal Blue!) xem xét kế hoạch của đội bơi lội Iwatobi và Samezuka cho bữa tiệc chia tay bất ngờ của Rin, vì anh ấy sẽ sớm khởi hành đến Úc.