Rượt đuổi một nhà giả kim đang chạy trốn với sức mạnh kỳ lạ, hai anh em Edward và Alphonse Elric tình cờ lạc vào thung lũng tồi tàn của Milos. Người Milos là một nhóm bị áp bức tìm cách giành lại đất thánh của họ từ Creta: một quốc gia quân phiệt đã thôn tính mạnh mẽ quốc gia của họ. Trước cơn bão chính trị là một cô gái tên là Julia Crichton, người thực sự mong muốn các Milos lấy lại sức mạnh của họ và trở lại là một quốc gia hòa bình. Kết bạn với cô gái, Edward và Alphonse thấy mình đang ở giữa một cuộc kháng chiến đang gia tăng liên quan đến việc sử dụng chính vật mà họ đã tìm kiếm suốt bấy lâu nay - Hòn đá Phù thủy. Tuy nhiên, những kinh nghiệm trong quá khứ của họ với viên đá khiến họ dè dặt, và những người anh em không sẵn lòng giúp đỡ. Nhưng khi họ khám phá ra những bí mật đằng sau ý định của Creta và lịch sử đáng ngờ, hai anh em bị cuốn vào cuộc chiến giữa Milos nổi loạn, những người khao khát tự do của họ và quân đội Cretan, những người tìm kiếm quyền lực tuyệt đối.