Sau khi tỉnh dậy từ một giấc mơ về sự cố Daybreak, nhận ra rằng mình đã đến muộn, Hiden Aruto vội vã đến Hiden Intelligence và bị sốc khi phát hiện ra rằng Humagears tên Will, người đã tấn công anh với cái tên Another Zero-One là chủ tịch mới của Hiden Intelligence. Cùng lúc đó, tại trường trung học Hikarigamori Tsukuyomi, Sougo Tokiwa và Geiz Myokoin khi đến lớp học, họ phát hiện ra rằng tất cả giảng viên và sinh viên đều là Humagears và chúng đang tự dạy mình về cuộc cách mạng chống lại loài người. Sau khi Humagears phát hiện họ là con người, chúng di chuyển đến và tấn công, nhưng Woz đến và giải cứu kịp thời sau đó khôi phục lại ký ức của họ. Sau khi chiến đấu với Another Zero One thất bại tại tòa nhà Hiden Aruto được Isamu Fuwa và Yua Yaiba giải cứu rồi đưa đến căn cứ kháng chiến của con người. Gặp lại Izu , cô đã giải thích rằng có sự xáo trộn trong lịch sử, một trung đội Humagears do Will, Horobi và Jin chỉ huy bắt đầu đột kích vào căn cứ kháng chiến. Vì muốn giúp chiến đấu, Hiden Soreo đã đưa cho Aruto một Forceriser, cho phép anh biến thành Kamen Rider Zero zero-One[4]. Giữa lúc quân kháng chiến thất bại, nhóm của Sougo Tokiwa đã đến nơi và thành công trong việc đánh đuổi lực lượng Humagear. Khi biết rằng nguyên nhân của điều này là do Finis, Aruto và Sougo Tokiwa đã du hành trở lại năm 2007 để chứng kiến những sự kiện ngay trước khi Daybreak xảy ra. Họ không chỉ chạm trán với kế hoạch của Finis mà Aruto còn phát hiện ra sự tham gia của chính người cha Humagear - Hiden Soreo trong việc tạo ra Zero-One Driver và còn là Kamen Rider Ichi-Gata. Với sự cân bằng giữa quá khứ và hiện tại, Kamen Rider Zero-One phải chiến đấu để bảo vệ di sản của Hiden Intelligence và trở thành người khởi đầu cho một thế hệ mới.