Nanoha Takamachi, một học sinh lớp ba bình thường thích dành thời gian cho gia đình và bạn bè của mình, giải cứu một con chồn sương bị thương mà cô đã mơ đêm trước. Ngày hôm sau, con chồn sương kêu lên với cô ấy bằng thần giao cách cảm, cầu xin Nanoha cứu nó. Con chồn sương tiết lộ mình là Yuuno Scrya, một pháp sư từ thế giới khác đang cố gắng thu thập 21 Hạt Ngọc nguy hiểm mà anh ta vô tình rải rác trên khắp thế giới. Anh ta nhờ sự giúp đỡ của Nanoha, tặng cô cây đũa phép thần tiên raise Heart, và dạy cô ấy cách trở thành một pháp sư mạnh mẽ. Vài ngày sau, sau khi lấy lại một vài Hạt Ngọc, một pháp sư khác xuất hiện: Fate Testarossa. Mạnh hơn Nanoha, Fate từ chối tiết lộ lý do của cô ấy khi cố gắng thu thập Hạt ngọc. Nanoha cảm nhận được sự u sầu trong mắt cô ấy, nhưng Fate từ chối giao tiếp. Được đạo diễn bởi Akiyuki Shinbo, Mahou Shoujo Lyrical Nanoha là một câu chuyện về sự va chạm của cảm xúc khi các mục tiêu va chạm.