Vài tháng đã trôi qua kể từ sự cố Jewel Seed, và Nanoha Takamachi đã sẵn sàng chào đón Fate Testarossa trở về từ phiên tòa xét xử của cô với Cục Hành chính. Nhận được sự khoan hồng có điều kiện vì vai trò ngăn chặn khủng hoảng, Fate đã được phép đi học cùng Nanoha. Tuy nhiên, trước khi hai cô gái có thể ổn định cuộc sống hàng ngày cùng nhau, một nhóm pháp sư bóng tối bất ngờ tấn công họ. Bị áp đảo bởi những kẻ tấn công không rõ danh tính, Nanoha và Fate bị cuốn ma đạo thư đáng ngại hấp thụ năng lượng, và cả Raising Heart lẫn Bardiche đều bị thương trong quá trình này. Những kẻ đứng sau cuộc phục kích này được gọi là Wolkenritter, và bốn thành viên của nó Vita, Signum, Shamal và Zafila quen thuộc được Book of Darkness triệu tập để thực hiện cuộc đấu thầu ác độc của nó. Chủ nhân hiện tại của cuốn sách là cô gái trẻ Hayate Yagami, không biết gì về bản chất thực sự của nó trong khi Wolkenritter, nạp năng lượng cho nó bằng năng lượng bị đánh cắp cưỡng bức, có nhiệm vụ tìm cách hoàn thành cuốn sách. Bị kiệt sức và không có vũ khí, Nanoha và Fate phải chạy đua với thời gian để phục hồi sức mạnh và đối đầu với Wolkenritter, với mục đích ngăn bộ tứ hoàn thành Cuốn sách bóng tối và giải phóng ma thuật tàn phá thế giới.