Mặc dù điều ước của Sayaka Miki đã được thực hiện, nhưng những hậu quả không lường trước được đi kèm với nó khiến cô choáng ngợp, khiến viên ngọc linh hồn của cô bị nhiễm độc khi cô không chịu nổi sự tuyệt vọng và cuối cùng mất đi nhân tính. Homura Akemi tiết lộ cho Kyouko Sakura và Madoka Kaname về số phận cuối cùng của các cô gái phép thuật: một khi viên ngọc linh hồn của họ bị nhiễm độc, nó sẽ biến thành Hạt giống đau buồn, và họ được tái sinh thành phù thủy một sự thật mà Homura chỉ biết được thông qua việc lặp lại lịch sử vô số lần trong một cuộc đấu giá để ngăn chặn bi kịch của Madoka. Kyuubey chỉ làm tăng thêm nỗi tuyệt vọng của họ khi anh ta thú nhận ý định thực sự của mình: khai thác năng lượng được tạo ra từ các cô gái phép thuật và sử dụng nó để kéo dài tuổi thọ của vũ trụ. Khi mối đe dọa của Walpurgisnacht, một phù thủy quyền năng, lờ mờ hiện ra trước mắt, Homura một lần nữa thề sẽ bảo vệ Madoka và thế giới khỏi số phận nghiệt ngã. Bị mắc kẹt giữa việc tôn vinh điều ước của Homura và cứu thế giới, cuối cùng Madoka sẽ chọn cái nào? Mahou Shoujo Madoka★Magica Movie 2: Eien no Monogatari là câu chuyện về định mệnh không thể tránh khỏi, và một anh hùng khó có thể thay đổi tất cả.