Mười lăm năm sau một sự kiện thảm khốc được gọi là Tác động thứ hai, thế giới phải đối mặt với một mối đe dọa mới: những thiên thể quái dị được gọi là "Thiên thần" lần lượt xâm chiếm Tokyo-3. Nhân loại không thể tự bảo vệ mình trước các Thiên thần mặc dù đã sử dụng các loại vũ khí và chiến thuật quân sự tiên tiến nhất của họ. Hy vọng duy nhất cho sự cứu rỗi của con người nằm trong tay NERV, một tổ chức bí ẩn do Gendou Ikari lạnh lùng lãnh đạo. NERV vận hành những người máy hình người khổng lồ được mệnh danh là "Evangelions" để chống lại các Thiên thần bằng vũ khí tối tân và hàng rào bảo vệ được gọi là Trường khủng bố tuyệt đối. Nhiều năm sau khi bị cha mình bỏ rơi, Shinji Ikari, cậu con trai 14 tuổi của Gendou, trở lại Tokyo-3. Shinji trải qua một cuộc chiến nội tâm dai dẳng chống lại vết thương lòng đã chôn sâu do mất mẹ và sự bỏ rơi tình cảm mà anh phải chịu dưới bàn tay của cha mình. Sợ hãi khi mở lòng với người khác, cuộc đời của Shinji đã thay đổi mãi mãi khi gặp Misato Katsuragi, 29 tuổi, một sĩ quan cấp cao của NERV, người đã cho anh thấy lòng tốt của một người mẹ có tinh thần tự do mà anh chưa từng trải qua. Một cuộc tấn công tàn khốc của Thiên thần buộc Shinji phải hành động khi Gendou tiết lộ động cơ thực sự của việc mời con trai mình trở lại Tokyo-3: Shinji là đứa trẻ duy nhất có khả năng điều khiển hiệu quả Evangelion Unit-01, một người máy mới đồng bộ hóa với sinh trắc học của anh ấy. Bất chấp chấn thương tâm lý tàn bạo do điều khiển Evangelion mang lại, Shinji bảo vệ Tokyo-3 trước mối đe dọa từ thiên thần, không biết gì về âm mưu đen tối của cha mình.