Vào năm 2015, hơn một thập kỷ đã trôi qua kể từ khi sự kiện thảm khốc được gọi là Tác động thứ hai xảy ra với loài người. Trong thời gian phục hồi này, một số ít người được chọn đã biết về những sinh vật được gọi là Thiên thần những thực thể độc ác khổng lồ với ý định kích hoạt Tác động thứ ba và quét sạch phần còn lại của nhân loại. Được cha mình là Gendou Ikari gọi đến thành phố Tokyo-3, cậu thiếu niên Shinji lao đầu vào cuộc đấu tranh của nhân loại. Bị tách khỏi Gendou kể từ cái chết của mẹ anh, Shinji cho rằng cha anh muốn hàn gắn mối quan hệ gia đình đã tan vỡ của họ; thay vào đó, anh ta phát hiện ra rằng mình đã được đưa đến để điều khiển một cỗ máy khổng lồ có khả năng chiến đấu với các Thiên thần, Evangelion Unit-01. Bị buộc phải chiến đấu chống lại từng đợt mối đe dọa lớn nhất của nhân loại, cậu bé thấy mình bị mắc kẹt giữa một kế hoạch có thể ảnh hưởng đến tương lai của nhân loại mãi mãi.