Shinji Ikari bị hôn mê sau cái chết của một người bạn thân. Với việc con trai mình không thể điều khiển robot hình người Evangelion Unit-01, NERV của Gendou Ikari chạy đua với tổ chức bóng tối SEELE để xem ai có thể ban hành kế hoạch cuối cùng của họ trước. SEELE mong muốn tạo ra một sinh vật giống như thần thánh bằng cách hợp nhất linh hồn của chính họ thành một đơn vị Evangelion, trong khi Gendou mong muốn biến toàn bộ nhân loại thành một sinh vật nguyên thủy để anh có thể đoàn tụ với Yui, người vợ đã khuất của anh. SEELE giải phóng lực lượng quân sự của mình trong một cuộc xâm lược chết người vào trụ sở NERV. Khi lực lượng của SEELE cắt giảm các nhà khoa học và nhân viên an ninh của NERV, Asuka Langley Souryuu điều khiển Evangelion Unit-02 trong một trận chiến cuối cùng tuyệt vọng chống lại vũ khí hạng nặng nhất của SEELE. Trận chiến diễn ra ác liệt và Shinji chán nản trốn sâu trong trụ sở của NERV. Với số phận của thế giới nằm trong tay của Shinji, Thuyền trưởng Misato Katsuragi săn lùng cậu bé tuổi teen khi xã hội sụp đổ xung quanh họ.