Vào lúc nửa đêm, Giờ đen tối xuất hiện một giờ bí mật mà hầu hết mọi người đều không biết. Những người không bị mắc kẹt trong quan tài trong thời gian này, không may mắn nhận ra mình còn tỉnh táo, đã gặp phải những sinh vật nguy hiểm được gọi là Bóng tối. Tuy nhiên, một số ít được chọn sở hữu khả năng sử dụng Persona: một sức mạnh đặc biệt được sử dụng để đánh bại những sinh vật này. Nhóm bí mật này được gọi là SEES (Đội thực thi ngoại khóa chuyên biệt), và nhiệm vụ của họ là khám phá lý do đằng sau sự xuất hiện của Giờ đen tối. Chỉ một thời gian ngắn sau khi học sinh chuyển trường Makoto Yuuki bắt đầu cư trú tại Ký túc xá Iwatodai, Persona của cậu ấy thức tỉnh sau cuộc tấn công của một Bóng tối mạnh mẽ. Bây giờ được tuyển dụng vào hàng ngũ của SEES, anh ấy bắt đầu chiến đấu bên cạnh các đồng đội của mình, vì chỉ họ mới có thể bảo vệ nhân loại khỏi Bóng tối và ngăn chặn sự bất thường đó là Giờ đen tối.