Satoshi và bạn của cậu đang trên chuyến hành trình đến Orange Island nhưng ngay cả quần đảo cỏ vẻ yên bình này, nằm cách xa phía nam Kanto cũng có những bí ẩn, những cuộc phiêu lưu và Pokémon huyền thoại của riêng nó. Lawrence III chắc chắn biết điều đó, đó là lý do tại sao ngay bây giờ hắn đang đi đến các đảo khác nhau để bắt ba con chim huyền thoại - Fire, Freezer và Thunder. Nhưng với toàn bộ sức mạnh của chúng, ba con chim đó chỉ là một bước đệm cho một phần thưởng thậm chí còn lớn hơn: Lugia - Người bảo vệ của biển cả! Tất nhiên, Satoshi hoàn toàn không biết về những điều này khi cậu đến địa điểm mới nhất của mình. Những người dân trên đảo có một kế hoạch lớn cho cậu ta, nhưng không có điều gì đáng sợ, họ muốn cậu ấy tham gia vào nghi lễ thu thập ba quả cầu nguyên tố từ các đảo khác nhau. Khi thời thiết trên khắp thế giới vượt ngoài tầm kiếm soát, nhiệm vụ này càng quan trọng, khi mà việc bắt giữ những con chim huyền thoại đã làm cho môi trường mất cân bằng. Với sự giúp đỡ của Lugia liệu Satoshi có thể trở thành "người được chọn" mà mọi người mong đợi?