Cuộc hành trình của Satoshi và những người bạn của anh ấy qua vùng Kalos vẫn tiếp tục! Sau khi Satoshi nhận được huy hiệu phòng tập thể dục thứ bảy của mình, cả nhóm đang di chuyển đến thị trấn tiếp theo thì Eureka phát hiện ra một Pokémon bí ẩn đang nằm trong túi của cô ấy. Sớm được đặt tên là Puni-chan, nó là thứ mà ngay cả Pokémon mới của Satoshi và Serena là Zukan cũng không thể xác định được. Tuy nhiên, rõ ràng là Puni-chan là mục tiêu của một nhóm bí ẩn mặc bộ đồ màu đỏ tươi được gọi là Team Flare, nhằm mục đích bắt Pokémon mới để tiếp tục chương trình nghị sự của họ. Nhưng khi Satoshi và đồng bọn nhận ra rằng tổ chức bí ẩn không có ý định đối xử tử tế với Puni-chan, họ đứng lên phản đối kế hoạch của Team Flare, dám chống trả. Với những dự đoán của Gojika lờ mờ phía trên họ, Satoshi nhắm đến huy hiệu phòng tập thể dục cuối cùng của mình trong khi Serena tranh giành Chìa khóa Công chúa cuối cùng của cô ấy để có thể cạnh tranh tại TriPokalon Master Class. Nhưng khi Team Flare bắt đầu hành động để tìm kiếm chữ Z bí ẩn, những câu chuyện về Pokemon XY và Pokemon XY: Mega Evolution bắt đầu giao nhau khi Satoshi và những người bạn của anh ấy, cùng với Team Rocket, bị cuốn vào một kế hoạch có thể khiến Kalos trở nên vĩ đại. sự nguy hiểm.