Yuusei Fudou ra ngoài để lấy lại những gì đã bị đánh cắp từ anh ta. Thế giới đấu tay đôi đã phát triển, với Riding Duels trở thành đỉnh cao giải trí cho cư dân của Thành phố Neo Domino. Chúng được chơi trên D-Wheels, sự kết hợp giữa Duel Disks và xe máy. Sau khi Yuusei có kỹ năng cơ khí chế tạo được D-Wheel của riêng mình, người bạn cũ của anh ấy là Jack Atlas đã đánh cắp nó cùng với lá bài tốt nhất của Yuusei, Stardust Dragon; từ bỏ quê hương Satellite đổ nát của họ, anh trốn đến Thành phố Neo Domino. Trong hai năm kể từ đó, Jack đã vươn lên dẫn đầu thế giới đấu tay đôi, trong khi Yuusei đang chuẩn bị nhờ sự giúp đỡ của bạn bè. Khi chiếc D-Wheel mới của anh ấy đã hoàn thành, giờ anh ấy lên đường đến Thành phố Neo Domino, mục tiêu duy nhất của anh ấy là tìm Jack. Cả hai người đều không hề hay biết, có những thứ đang bị đe dọa lớn hơn nhiều so với những gì họ có thể tưởng tượng, với những người điều khiển rối đang giật dây đằng sau hậu trường.