Thế giới của Duel Monsters một lần nữa phát triển với sự phát triển của một mạng gọi là Link Vrains và một cơ chế triệu hồi mới được giới thiệu là Link Summoning. Bằng cách sử dụng không gian mạng này, những người đấu tay đôi giờ đây có thể tạo hình đại diện của riêng họ và đấu tay đôi để đạt được vinh quang trong một thực tế ảo. Tuy nhiên, giống như thế giới thực, thế giới kỹ thuật số không tránh khỏi chiến tranh, xung đột và bí ẩn. Nhiều năm trước, một tổ chức tin tặc được gọi là Hiệp sĩ Hà Nội đã thực hiện một cuộc tấn công vào Link Vrains. Được dẫn dắt bởi Revolver ẩn danh, mục tiêu của họ là tiêu diệt chương trình trí tuệ nhân tạo được gọi là Cyberse. Sau một nỗ lực thất bại, một trong những mục tiêu của họ, Ignis, đã trốn thoát và giấu Cyberse ở đâu đó trong mạng. Năm năm sau, cậu học sinh trung học Yuusaku Fujiki gặp một chương trình trí tuệ nhân tạo kỳ lạ khi đấu tay đôi trong Link Vrains. Dưới vỏ bọc hình đại diện tên là Playmaker, Yuusaku và đồng phạm của mình, Shouichi Kusanagi, quyết định hợp lực với sự tồn tại đặc biệt. Khi tìm kiếm sự thật đằng sau một sự kiện bí ẩn trong quá khứ, Yuusaku chiến đấu chống lại Hiệp sĩ Hà Nội và SOL Technologies trong một cuộc đua có thể thay đổi số phận của thế giới.