Hoàn thành sứ mệnh của mình trong các sự kiện của Yuuki Yuuna wa Yuusha de Aru , Câu lạc bộ Anh hùng của Trường Trung học Sanshu bao gồm Yuuna Yuuki, Karin Miyoshi, anh chị em Fuu và Itsuki Inubouzaki đã hoạt động trở lại, giúp đỡ những người gặp khó khăn bất cứ khi nào họ có thể. Họ cũng đã có được một thành viên mới, một anh hùng trong quá khứ tên là Sonoko Nogi. Nhưng cuối cùng họ nhận thấy rằng một người lẽ ra phải ở trong số họ, Mimori Tougou, đã mất tích; mọi dấu vết về sự tồn tại của cô ấy đã hoàn toàn biến mất, chỉ để lại ký ức của các cô gái. Không có manh mối nào về tung tích của Tougou, các cô gái lấy lại được khả năng biến hình và bắt đầu cuộc tìm kiếm người bạn đã mất trong tuyệt vọng. Nhưng những gì họ tìm thấy gây sốc hơn bất kỳ ai trong số họ có thể tưởng tượng, và hậu quả của hành động của họ bắt đầu thay đổi cuộc sống khi họ biết điều đó.