Trở về sau kỳ nghỉ hè, các học sinh Lớp 3-E tại Trường Trung học cơ sở Kunugigaoka danh tiếng đã tìm thấy chính mình trước những chiến thắng bất bại. Đối mặt với khả năng thế giới bị hủy diệt, các học sinh phải nghĩ ra những cách ngày càng phức tạp và sáng tạo để giết người thầy của mình, Koro-sensei tinh ranh nhưng lạc quan và hữu ích. Tuy nhiên, việc loại bỏ Koro-sensei không phải là mục tiêu duy nhất mà các học sinh cần phải lo lắng. Gakuhou Asano, hiệu trưởng tàn nhẫn và tàn nhẫn của học viện, tìm cách ngăn cản sự thành công của Lớp 3-E bằng cách tẩy não những học sinh chăm chỉ khác của mình thành những cỗ máy học tập cạnh tranh tàn nhẫn. Sự thù địch bắt đầu lởn vởn trong không khí khi những kẻ phản bội và kẻ giết người đều cố gắng đòi lại tiền thưởng trên đầu của Koro-sensei cho riêng mình. Nagisa Shiota, một trong những sát thủ giỏi nhất của Lớp 3-E, thấy mình ở giữa cuộc xung đột. Trong khi anh ấy làm việc để duy trì vị thế học tập của mình và ngăn chặn ngày tận thế, các vấn đề trong nước gây nguy hiểm cho vị trí của anh ấy trong Lớp 3-E. Cùng với những người bạn học tận tụy của mình, giờ đây anh ta phải đối mặt với những mối đe dọa trực tiếp.