Makoto Naegi, một thiếu niên không có tài năng gì nổi bật, rất ngạc nhiên khi biết mình được nhận vào Học viện tư thục Hope's Peak: một ngôi trường ưu tú tập hợp những học sinh giỏi nhất từ ​​nhiều lĩnh vực khác nhau. Mặc dù tin rằng việc nhập học của mình chỉ là một sự may rủi, nhưng Naegi rất vui khi được theo học tại một cơ sở giáo dục được biết đến là nơi đảm bảo thành công cho những sinh viên tốt nghiệp. Quyết tâm, anh bước vào cửa trước của học viện danh tiếng. Tuy nhiên, sau khi bất tỉnh bên trong, Naegi tỉnh dậy trong một lớp học dường như bị bỏ hoang. Không hiểu bằng cách nào mình đến được đó, Naegi bắt đầu khám phá, và ngạc nhiên khi thấy các bạn cùng lớp của mình đang tập trung trong phòng tập thể dục. Trong khi mọi người đang cố gắng tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra, họ phải đối mặt với hiệu trưởng của trường — Monokuma, một con gấu bông robot. Món đồ chơi bí ẩn giải thích rằng các sinh viên năm nhất bị mắc kẹt bên trong trường chỉ có một cách thoát hiểm - giết một bạn cùng lớp mà không bị phát hiện. Căng thẳng bao trùm không khí khi Naegi và các bạn cùng lớp nhận ra rằng họ đang phải đối mặt với hai lựa chọn: tham gia vào trò chơi giết chóc của Monokuma, hoặc sống cùng nhau trong trường cho đến cuối đời.