Hàng nghìn năm trước, con rồng cổ đại Bahamut đã tàn phá vùng đất Mistarcia, một thế giới nơi cả thần và quỷ đều sống giữa nhân loại. Làm việc cùng nhau để ngăn chặn sự hủy diệt của thế giới, các vị thần đối thủ hầu như không thể phong ấn Bahamut, đồng ý chia chiếc chìa khóa giữa họ để con rồng sẽ bị giam cầm vĩnh viễn. Với việc thế giới được an toàn trước sự tàn phá của Bahamut, việc những kẻ săn tiền thưởng như Favaro Leone là công việc bình thường. Sống một lối sống thoải mái và tự phục vụ bản thân, Favaro vô đạo đức kể về công việc của mình trong khi chạy trốn khỏi thợ săn tiền thưởng Kaisar Lidfard, một người đàn ông chính trực thề sẽ trả thù Favaro. Tuy nhiên, cuộc sống vô tư của Favaro bị ném vào hỗn loạn khi anh gặp Amira, một người phụ nữ bí ẩn, người nắm giữ một nửa chìa khóa cho nền hòa bình mong manh của thế giới. Shingeki no Bahamut: Genesis kể câu chuyện về một nhóm các anh hùng không có khả năng xảy ra, những người bị mắc kẹt giữa cuộc đụng độ kinh hoàng giữa thần và quỷ, buộc phải tự vạch ra con đường của mình khi đối mặt với cơn bão sắp xảy ra.