Khi mùa thu sắp kết thúc, Chidori Yoshino, một thành viên của Strega, bắt cóc Iori Junpei. Trong khi đó, Makoto Yuuki và Đội hành quyết ngoại khóa chuyên biệt (SEES) tiêu diệt Arcana Hanged Man. Ngay sau đó, một tay chơi bí ẩn tên là Ryouji Mochizuki chuyển vào lớp 2-F của trường trung học Gekkoukan. Được cho là đã đạt được mục tiêu, các thành viên của SEES tin rằng họ sẽ thoát khỏi cuộc chiến đã cướp đi sinh mạng của những người thân yêu của họ một cách tàn nhẫn. Chưa hết, Tartarus và Giờ đen tối vẫn tiếp tục tồn tại, không hề nao núng trước sự tiêu diệt của Bóng tối thứ mười hai. Lo lắng vì thất bại rõ ràng của họ, SEES phải đương đầu với những cuộc đấu tranh cá nhân của họ và tìm hiểu xem họ chiến đấu vì lợi ích của ai. Khi hành trình khám phá bản thân của Makoto và Junpei ngày càng tiến bộ, danh tính của Ryouji và lý do đằng sau sự căm ghét của Aegis dành cho anh trở nên rõ ràng.