Hai mươi năm trước khi câu chuyện bắt đầu, một tiểu hành tinh hướng tới Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương. Do sự hủy diệt của Sao Diêm Vương, tiểu hành tinh được đặt tên là Thanatos tạm thời trở nên trì trệ. Giờ đây, để tránh sự hủy diệt sắp xảy ra của Trái đất, Cơ quan Phát triển Hệ Mặt trời Quốc tế (ISDA) làm việc trong "D-Project" và tạo ra "Dragonaut" sau khi tìm thấy một quả trứng rồng dưới đại dương. Mục đích chính của vũ khí này là phá hủy tiểu hành tinh khi đến thời điểm. Tuy nhiên, họ sớm phát hiện ra rằng tiểu hành tinh không phải là mối đe dọa duy nhất của họ, vì những sinh vật giống rồng mạnh mẽ, đang muốn hủy diệt, xuất hiện trên Trái đất. Sau khi chứng kiến ​​vụ sát hại một trong những sinh vật đó, Jin Kamishina, một cậu bé 18 tuổi cô đơn, mất gia đình trong một vụ tai nạn tàu con thoi hai năm trước, bị cuốn vào những bí ẩn của loài rồng và trở thành phi công được chọn của Dragonaut. Giúp đỡ anh ta trong cuộc hành trình của mình là Toa, một cô gái bí ẩn đã cứu anh ta khỏi cái chết sau khi sinh vật này tấn công anh ta. Khi tìm hiểu sâu hơn về những bí ẩn của loài rồng, họ gặp gỡ những người bạn và kẻ thù mới, đồng thời cũng bắt đầu phát triển mối quan hệ thân thiết hơn.