Đến giai đoạn của cuộc đời mà họ không phải là một đứa trẻ cũng không phải là người lớn, Hanabi Ayase 12 tuổi và Aoi Yui gặp những sự kiện thay đổi cuộc đời. Do thái độ nghịch ngợm của các bạn nam cùng lớp, Ayase không đánh giá cao người khác giới. Tuy nhiên, quan điểm của cô ấy bắt đầu thay đổi sau khi cô ấy được ghép đôi với Takao Yuuto tốt bụng trong một bài tập trên lớp và bất ngờ chia sẻ nụ hôn đầu tiên của họ với nhau trên sân thượng của trường. Khi người bạn thân nhất của mình khám phá ra tình yêu, Aoi khao khát tìm kiếm tình yêu của riêng mình. Cô thấy mình yêu Kazuma Hiyama hấp tấp sau khi bảo vệ cô khỏi một người cầu hôn bị từ chối, người đã nói xấu sau lưng cô. 12-sai.: Chicchana Mune no Tokimeki theo chân bốn người trong giai đoạn này của tuổi vị thành niên. Khi họ lớn lên cùng nhau, sự lãng mạn ngọt ngào này mô tả sự ngây thơ và phấn khích của mối tình đầu.