Conan là đứa trẻ duy nhất được sinh ra trên Đảo Tàn tích, nơi được một nhóm người tị nạn định cư khi họ chạy trốn làn sóng bom từ trường kinh hoàng đã quét sạch phần lớn nhân loại. Sau 20 năm, hầu hết những người bị thiến đã chết, trừ Conan và người đàn ông thông thái đã nuôi nấng cậu. Tin rằng Đảo Tàn tích là nơi sinh sống cuối cùng trên Trái đất, Conan đã bị sốc khi phát hiện ra một cô gái trẻ tên Lana bị dạt vào bờ biển vào một ngày nọ. Mặc dù rất vui khi biết rằng loài người vẫn còn tồn tại, Lana nói với anh rằng quốc gia Industria muốn cô làm con tin để buộc ông của cô, Tiến sĩ Lao, cung cấp năng lượng cho máy móc của họ. Cuộc trò chuyện của họ bị cắt ngắn khi phi công hàng đầu của Industria, Monsley, bất ngờ xuất hiện và bắt giữ Lana. Quyết tâm cứu cô, Conan ngay lập tức khởi hành từ Đảo Tàn tích và bắt đầu một cuộc hành trình cuối cùng sẽ quyết định số phận của thế giới.