Ngày trọng đại khai trương tuyến tàu điện ngầm mới ở Tokyo, Tuyến Touto, đã đến, nhưng một vụ đánh bom đã khiến mọi lễ kỷ niệm phải tạm dừng. Thống đốc Tokyo bị kẹt trong vụ nổ khi đang ở trên tàu, nhưng ông và những người khác có mặt may mắn được cứu sống nhờ suy nghĩ và hành động nhanh trí của Conan Edogawa. Bị hấp dẫn bởi vụ việc, Conan nghiên cứu lịch sử chính trị của thống đốc và phát hiện ra rằng người đàn ông này chịu trách nhiệm cho việc phá hủy một ngôi làng ở Niigata để xây dựng đập Kitanosawa. Tin rằng vụ tấn công có liên quan đến việc xây dựng con đập, Conan cùng với Ran Mouri, Kogorou Mouri, Giáo sư Agasa, Sonoko Suzuki và Đội thám tử nhí quyết định đến thăm ngôi làng và điều tra. Ở đó, họ gặp một nhóm người dân địa phương sống ở ngôi làng cũ trước khi nó bị phá bỏ. Tuy nhiên, ngay khi một bí ẩn dẫn đến một bí ẩn khác, một trong những người dân địa phương đã bị sát hại. Nghi ngờ rằng có điều gì đó độc ác hơn đang diễn ra, Conan thề sẽ khám phá ra sự thật đằng sau hai vụ việc này trước khi quá muộn.