Madoka Kaname và người bạn thân nhất Sayaka Miki là những học sinh cấp hai bình thường ở thành phố Mitakihara. Nhưng một ngày nọ, họ gặp phải một sinh vật giống mèo kỳ lạ tên là Kyuubey, người tuyên bố rằng anh ta có thể ban cho họ một điều ước. Đổi lại, họ sẽ trở thành những cô gái phép thuật và chiến đấu chống lại cái ác do phù thủy gây ra. Một cô gái phép thuật kỳ cựu trong khu vực, Mami Tomoe, quyết định chỉ cho họ cách săn phù thủy, trong khi học sinh chuyển trường bí ẩn Homura Akemi cảnh báo họ không nên thực hiện thỏa thuận của Kyuubey, mặc dù cô ấy từ chối nói lý do. Tuy nhiên, sau khi chứng kiến thực tế tàn khốc của việc chiến đấu với phù thủy, các cô gái quyết định từ chối lời đề nghị của Kyuubey có thể an toàn hơn. Nhưng khi một cô gái phép thuật khác đến thành phố và Sayaka quyết định thực hiện một điều ước để giúp đỡ người mình yêu, mọi thứ nhanh chóng leo thang khi họ phải đối mặt với sự thật phũ phàng đằng sau sức mạnh và cái giá cuối cùng cho những điều ước của họ.