Taichi Yagami và những người bạn của anh ấy đã chuyển lên cấp hai, nhưng vào thời điểm đó, họ đã mất liên lạc với các Digimon đối tác của mình. Do đó, Taichi rất ngạc nhiên khi đột nhiên nhận được một cuộc gọi đau khổ triệu tập anh ta đến Thế giới kỹ thuật số. Khi ở đó, anh ấy biết rằng Digimon đang sống trong nỗi sợ hãi của Hoàng đế Digimon bí ẩn, người bằng cách nào đó đang ngăn chặn khả năng Digivolve của họ! Ở thế giới thực, Hikari Yagami và Takeru Takaishi tái hợp trong cùng một lớp năm. Họ có chung ba người bạn cùng trường: Daisuke Motomiya, người khiến cả hai nhớ đến Taichi; Miyako Inoue, một thuật sĩ kỹ thuật; và Iori Hida, hàng xóm của Miyako. Khi ba đứa trẻ này nhận được Digivices "D-3", chúng - cùng với Hikari và Takeru, những người vẫn sở hữu Digivices ban đầu của riêng mình - tạo thành thế hệ "Những đứa trẻ được chọn" mới, những người phải cứu thế giới một lần nữa. Với sức mạnh của Trứng Digi bọc thép, họ phải ngăn chặn kế hoạch của Hoàng đế Digimon nhằm lan rộng ảnh hưởng của mình trên toàn bộ Thế giới kỹ thuật số.