Thế giới kỹ thuật số đang trong tình trạng chiến tranh, với Đội quân Bagra độc ác đang cố gắng thu thập các mảnh vỡ của Code Crown. Bất cứ ai thu thập được tất cả 108 mảnh vỡ sẽ trở thành vua của Thế giới số. Một nhóm Digimon xấu xa, được gọi là Đội quân Bagra, quyết tâm lấy được Code Crown. Digimon Xros Wars kể về Taiki Kudou, một học sinh trung học yêu thích bóng đá, người luôn sẵn sàng giúp đỡ những người gặp khó khăn. Một ngày nọ, khi đi chơi với bạn bè Akari Hinomoto và Zenjirou Tsurugi, anh nghe thấy một giọng nói kêu cứu. Đang điều tra tình hình, anh gặp một Digimon tên là Shoutmon, người đã bị trọng thương trong một con hẻm gần đó. Sử dụng sức mạnh của một thiết bị kỳ lạ có tên là Xros Loader, Taiki đã cứu được mạng sống của Shoutmon, nhưng bị kéo vào Thế giới kỹ thuật số cùng với Akari và Zenjirou. Quyết tâm không để Bagra độc ác cản đường, Taiki và những người bạn của mình tham gia cùng Shoutmon và các Digimon địa phương khác để thành lập đội quân của riêng họ được gọi là Xros Heart. Bây giờ Xros Heart phải chiến đấu trên khắp Thế giới kỹ thuật số để thu thập các mảnh Code Crown và đánh bại Quân đội Bagra, nhưng Taiki và những người bạn của anh ấy không phải là những người duy nhất bị cuốn vào cuộc chiến quái vật này…