Giữa Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ năm, Caster bắt đầu thực hiện kế hoạch của mình, bắt đầu bằng việc bắt giữ Servant Saber của Shirou. Với việc phù thủy ngày càng trở nên mạnh mẽ hơn bao giờ hết, Rin và Archer xác định cô ấy là một mối đe dọa cần phải xử lý ngay lập tức. Nhưng khi cán cân quyền lực trong cuộc chiến bắt đầu thay đổi, Master và Servant nhận ra mình phải đi những con đường riêng. Trong khi đó, mặc dù mất Servant và vấp ngã vì chấn thương, Shirou phớt lờ lời cảnh báo của Rin để từ bỏ battle royale, bắt đầu cuộc chiến chống lại Caster. Quyết tâm thể hiện ý chí chiến đấu của mình, tiềm năng trở thành người bảo vệ người dân của Shirou được đưa vào thử nghiệm. Giữa đổ máu và hỗn loạn, động lực của mỗi Master và Servant dần được hé lộ khi họ hy sinh mọi thứ để trở thành người chiến thắng và giành lấy Chén Thánh.