Khi Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ tư diễn ra mà không có người chiến thắng rõ ràng trong tầm mắt, các Servant còn lại và Master của họ được giám sát viên Nhà thờ Risei Kotomine kêu gọi, để tập hợp lại với nhau và đối đầu với một mối đe dọa sắp xảy ra có thể làm sáng tỏ Cuộc chiến Chén Thánh và gây ra phá hủy thành phố Fuyuki. Thỏa thuận đình chiến không dễ dàng nhanh chóng sụp đổ khi các Master chứng minh rằng họ sẽ làm bất cứ điều gì trong khả năng của mình, bất kể hèn hạ đến mức nào, để giành chiến thắng. Hạt giống của sự nghi ngờ được gieo giữa Kiritsugu Emiya và Saber, Servant của anh ta, khi tư tưởng xung đột của họ về chủ nghĩa anh hùng và cuộc đụng độ hiệp sĩ. Trong khi đó, một mối liên kết đáng ngại hình thành giữa Kirei Kotomine, người vẫn đang tìm kiếm mục đích sống của mình và một trong những Servant còn lại. Khi thời gian đếm ngược đến khi kết thúc cuộc chiến đạt đến con số 0, cái giá phải trả của chiến thắng bắt đầu làm mờ ranh giới giữa chiến thắng và thất bại.