Inazuma Eleven Go: Chrono Stone lấy bối cảnh sau Giải bóng đá Holy Road. Người hùng của thời đại, Tenma Matsukaze, đã đi khắp Nhật Bản để dạy bóng đá cho trẻ em. Anh trở lại trường trung học cơ sở Raimon sau khi hoàn thành nhiệm vụ của mình, nhưng thật ngạc nhiên, đó không còn là trường trung học cơ sở Raimon mà anh nhớ nữa. Câu lạc bộ bóng đá không tồn tại và các thành viên của đội vô địch trong Giải bóng đá Holy Road không có hồi ức về việc tham gia giải đấu. Họ không nhớ Tenma cũng như trò chơi bóng đá mà họ yêu thích. Khi Tenma đang bối rối trước bước ngoặt này, Alpha, thủ lĩnh của Route Agents và là đội trưởng của đội Protocol Omega, đột nhiên xuất hiện trước mặt anh. Alpha tuyên bố rằng anh và đội của mình chịu trách nhiệm xóa sạch niềm đam mê bóng đá trong Raimon cùng với ký ức của các thành viên câu lạc bộ bóng đá: và chính Tenma là người tiếp theo. Đó là khi một cậu bé kỳ lạ tên Fei Rune xuất hiện đúng lúc để cứu anh ta. Fei là ai và tại sao Alpha lại muốn loại bỏ bóng đá mãi mãi? Tenma biết rằng anh ấy cần phải làm mọi thứ trong khả năng của mình để chiến thắng. Đó là một trận chiến có thể định đoạt số phận của bóng đá mãi mãi.