“Giả kim thuật” là một khoa học giả nhằm cố gắng tạo ra “vàng” từ nhiều sự kết hợp khác nhau. Một thí nghiệm được thực hiện một cách nhân tạo đã làm sống động một chủng tộc sinh vật và câu chuyện xoay quanh thời đại mà những thí nghiệm này được tiến hành bí mật. Trong câu chuyện, các dạng sống nhân tạo được gọi là “Chemys”, được tạo ra để bắt chước những thứ tồn tại trên thế giới như châu chấu, được tạo ra từ nghệ thuật của các kỹ thuật giả kim tốt nhất. Mỗi chiếc trong số chúng đều được cất giữ cẩn thận trong “Thẻ hóa học cưỡi ngựa” cho đến khi chúng vô tình được thả vào tự nhiên cùng một lúc. Nhân vật chính của chúng ta, Houtarou Ichinose, được giao nhiệm vụ Gotchadriver và nhiệm vụ thu hồi các Chemys đã được thả ra thế giới. Một số rất phù hợp để làm bạn đồng hành với con người và nếu cộng hưởng với một trái tim nhân hậu, Houtarou có thể hợp nhất với chúng và biến thành Kamen Rider Gotchard. Tuy nhiên, những người bị ảnh hưởng bởi ác tâm của con người sẽ có nguy cơ sinh ra những con quái vật được gọi là Malgam. Đây là một câu chuyện khám phá bản chất của thiện và ác, vốn là hai mặt của một đồng tiền. Liệu Gotchard có thể “thu thập hết” hay sẽ để sự bất cẩn của mình đánh dấu sự hủy diệt của thế giới?