Vào năm Universal Century 0096, ba năm sau nỗ lực thất bại của Char Aznable nhằm buộc con người di cư vào vũ trụ, cuộc sống vẫn tiếp diễn ở các thuộc địa quay quanh Trái đất. Một thuộc địa như vậy, ở Side 4, là nhà của Banagher Links, một thanh niên 16 tuổi sống một cuộc sống bình lặng giữa các bạn cùng lớp. Audrey Burne, hậu duệ cuối cùng của một đại gia đình độc tài, đã tự mình đánh cắp chìa khóa của một thiết bị bí ẩn được gọi là "Chiếc hộp của Laplace". Người ta nói rằng Chiếc hộp có sức mạnh định hình tiến trình của vũ trụ, và Audrey du hành đến Bên 4 nhằm lấy nó từ người giữ hiện tại và giữ nó khỏi Tay áo, tàn dư còn sót lại của Neo-Zeon của Char Aznable. Trong hành trình tìm kiếm của mình, cô tình cờ gặp Banagher và thay đổi cuộc đời anh mãi mãi. Khi Side 4 chịu sự tấn công của Sleeves và các chiến binh sung mãn của nó là Marida Cruz và Full Frontal, Banagher điều khiển Gundam Unicorn mới được chế tạo để bảo vệ bạn bè của mình và bảo vệ số phận của loài người.