Sau khi táo bạo trốn thoát khỏi Bảo tàng Ký ức, Sayaka Miki trở lại Thành phố Mitakihara với một tin tức đáng lo ngại. Rắc rối với những gì cô ấy đã học được, Sayaka tiết lộ cho Madoka Kaname và Homura Akemi nơi ở của Mami Tomoe nhưng quan trọng hơn sự thật đáng lo ngại đằng sau sự tồn tại của các cô gái phép thuật. Dù biết số phận nghiệt ngã đang chờ đợi họ, cả ba nhanh chóng quyết tâm hợp tác và cứu Mami một lần và mãi mãi. Trong khi đó ở Thành phố Kamihama, Yachiyo Nanami săn lùng nhiều "tin đồn" khác nhau để tìm kiếm Khách sạn Fendt Hope, trụ sở của Wings of Magius. Tổ chức cô gái phép thuật là người dẫn đầu duy nhất của Yachiyo trong việc tìm kiếm Iroha Tamaki, người mà vụ mất tích vẫn còn là điều không chắc chắn. Quyết tâm tái hợp Đội Mikazuki Villa, Yachiyo thề sẽ tiêu diệt Đôi cánh pháp sư và ngăn chặn kế hoạch quỷ quyệt của chúng. Giữa những tình huống hỗn loạn, một mối đe dọa tai hại đến gần, gây ra một cuộc xung đột thảm khốc có thể gây nguy hiểm cho toàn thế giới.