Sau khi giải quyết xong sự cố Hạt ngọc bị phân tán, Nanoha Takamachi vui vẻ trở lại cuộc sống thường ngày của mình, mặc dù bây giờ đã có thêm thực hành phép thuật vào buổi sáng. Trao đổi tin nhắn video với Fate Testarossa và phi hành đoàn của Arthra, Nanoha háo hức chờ đợi cơ hội để nói chuyện trực tiếp với họ. Nhưng khi đang học trong phòng của cô ấy vào một ngày nọ, raise Heart đột nhiên gọi Nanoha và cảnh báo cô ấy về một cuộc tấn công sắp xảy ra! Kẻ tấn công là một cô gái trẻ tên Vita, tự xưng là Hiệp sĩ Belka. Cô chứng tỏ sức mạnh của mình bằng cách sử dụng một thiết bị thông minh với hệ thống hộp mực bí ẩn để nhanh chóng áp đảo Nanoha. May mắn thay, Cục Quản lý Không gian-Thời gian có thể bước vào trước khi cô hoàn toàn bị nghiền nát. Vita và các hiệp sĩ khác của cô là Shamal, Signum và Zafila đang thực hiện một nhiệm vụ đánh cắp sức mạnh phép thuật từ các pháp sư để hoàn thành Book of Darkness, một trong những Logia đã mất. Vì mục đích nham hiểm nào mà các hiệp sĩ sau Cuốn sách Bóng tối này?