Đã một thế kỷ trôi qua kể từ khi "phép thuật chân chính" ban đầu chỉ được coi là truyền thuyết và văn hóa dân gian đã trở thành công nghệ phổ biến trên toàn thế giới. Trường trung học trực thuộc Đại học Phép thuật Quốc gia Đệ nhất (Trường Đệ nhất), một trong chín học viện phép thuật ở Nhật Bản, nhận hai anh chị em có kỹ năng Miyuki và Tatsuya Shiba vào học viện. Trường Đệ Nhất chia học sinh của mình thành hai nhóm, Khoa 1 và Khoa 2, dựa trên điểm thi đầu vào. Điều này gây ra sự khinh bỉ rõ ràng đối với các học sinh Khoa 2, vì họ bị các học sinh Khoa 1 gọi là "Weeds", những người tự gọi mình là "Blooms". Tatsuya được nhận vào Khoa 2, trong khi em gái Miyuki của anh tham gia Khoa 1 với tư cách là học sinh danh dự. Miyuki mong muốn cho trường Đệ Nhất thấy rằng, mặc dù anh trai cô bị coi là kém cỏi, nhưng anh ấy là một trong những pháp sư giỏi nhất trên toàn thế giới. Mahouka Koukou no Yuutousei kể lại câu chuyện về Mahouka Koukou no Rettousei dưới góc nhìn của Miyuki và các nhân vật nữ khác.