Trong tương lai xa, sự phụ thuộc của nhân loại vào nhiên liệu hóa thạch sẽ dẫn đến sự cạn kiệt hoàn toàn, một cuộc khủng hoảng năng lượng không giống như bất cứ điều gì mà thế giới chứng kiến. Để thoát khỏi sự trả đũa và sợ hãi, nhân loại bắt đầu tập trung vào một nguồn năng lượng thay thế: năng lượng mặt trời. Các quốc gia khác nhau đã liên kết với nhau để tạo thành ba phe phái chính - Liên minh Năng lượng Mặt trời và các Quốc gia Tự do, Liên minh Châu Âu Tiên tiến và Liên minh Cải cách Con người. Mỗi lĩnh vực này đều có quyền truy cập vào một máy phát điện năng lượng mặt trời, cung cấp cho chúng năng lượng vô hạn. Kết quả là, các quốc gia từng phụ thuộc vào việc bán nhiên liệu hóa thạch hiện đang rơi vào cảnh nghèo đói, dẫn đến nhiều năm chiến tranh và xung đột nội bộ về việc kiểm soát năng lượng mặt trời. Giữa sự hỗn loạn này, một tổ chức bán quân sự vô danh xuất hiện tự nhận mình là "Celestial Being", mong muốn kết thúc mọi cuộc chiến bằng sự can thiệp vũ trang bằng cách sử dụng Mobile Suits bí ẩn và công nghệ tiên tiến được gọi là Gundams. Mobile Suit Gundam 00 tiếp nối câu chuyện của Celestial Being Gundam Meisters Setsuna F. Seiei, Lockon Stratos, Allelujah Haptism và Tieria Erde. Bốn người này lao vào cuộc chiến tàn khốc giữa ba siêu cường để thực hiện mục tiêu thay đổi thế giới.