Bóng ma: những thực thể siêu nhiên như ma hoặc yêu quái mà cho đến gần đây vẫn được cho là mê tín dị đoan. Tuy nhiên, khi một loại vi-rút lây nhiễm vào não lan rộng khắp xã hội, nhận thức của mọi người về thế giới thay đổi khi các sinh vật thần thoại được tiết lộ là đã sống cùng loài người trong suốt thời gian qua. Loại virus này cũng đã ảnh hưởng đáng kể đến những người thuộc thế hệ tiếp theo, cho phép họ phát triển những khả năng đặc biệt mà họ có thể sử dụng để chiến đấu chống lại những bóng ma nguy hiểm. Haruhiko Ichijou và Mai Kawakami là hai trong số những người được ban cho sức mạnh như Haruhiko sử dụng khả năng triệu hồi và phong ấn bóng ma thông qua các bức vẽ trong khi Mai truyền sức mạnh của các nguyên tố vào võ thuật. Cùng với bóng ma thân thiện Ruru, họ thành lập Đội E của Học viện Hosea chuyên đối phó với những sinh vật thường tinh nghịch này. Trong một thế giới nơi thực tế và siêu thực đan xen, Musaigen no Phantom World kể về cuộc phiêu lưu của một nhóm bạn khi họ giải quyết những rắc rối hàng ngày do bóng ma gây ra.